Dalam Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 47 tahun 2011 disebutkan bahwa: pengawasan intern adalah seluruh proses kegiatan audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lain terhadap penyelenggaraan tugas dan fungsi organisasi yang bertujuan untuk mengendalikan kegiatan, mengamankan harta dan aset, terselenggaranya laporan keuangan yang baik, meningkatkan efektivitas dan efisiensi, dan mendeteksi secara dini terjadinya penyimpangan dan ketidakpatuhan terhadap ketentuan peraturan perundang-undangan.

Satuan Pengawasan Intern yang selanjutnya disebut SPI adalah satuan pengawasan yang dibentuk untuk membantu terselenggaranya pengawasan terhadap pelaksanaan tugas unit kerja di lingkungan Kementerian Pendidikan Nasional. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada Pasal 3, SPI menyelenggarakan fungsi: penyusunan program pengawasan, pengawasan kebijakan dan program, pengawasan pengelolaan kepegawaian, keuangan, dan barang milik Negara, pemantauan dan pengkoordinasian tindak lanjut hasil pemeriksaan internal dan eksternal, pendampingan dan reviu laporan keuangan, pemberian saran dan rekomendasi; penyusunan laporan hasil pengawasan; dan pelaksanaan evaluasi hasil pengawasan.

Dengan berlakunya Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 47 tahun 2011, maka Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 16 Tahun 2009 tentang Satuan Pengawasan Intern di lingkungan Departemen Pendidikan Nasional dinyatakan tidak berlaku.